Ernesto Zedillo transformó el sistema electoral después de la sucesión más conflictiva por el asesinato de Luis Donaldo Colosio y otros acontecimientos. Antes la presidencia del Instituto Federal Electoral (IFE) recaía en el secretario de Gobernación. En ese carácter fungieron Fernando Gutiérrez, Patrocinio González, Jorge Carpizo, Esteban Moctezuma y Emilio Chuayffet. La reforma zedillista de 1996 excluyó al Gobierno del IFE y ese mismo año el Congreso, con el voto de las dos terceras partes de los diputados, eligió a los primeros consejeros electorales y a quien sería presidente, José Woldenberg. El IFE ganó prestigio internacional por haber organizado las elecciones de 2000 cuyo resultado fue la alternancia. El PRI perdió el poder con votos y no a balazos como lo había obtenido.
El IFE modificado por Zedillo y presidido por Woldenberg ha sido el mejor. Luis Carlos Ugalde y otros consejeros renunciaron después de las elecciones controvertidas de 2006, resueltas en favor de Felipe Calderón por un margen de 0.56% —el más estrecho en la historia democrática del país—, no obstante la persecución del presidente Vicente Fox contra el candidato del PRD, Andrés Manuel López Obrador, y de la campaña según la cual el tabasqueño representaba un «peligro para México». Calderón afrontó la presión política y social con un paquete de reformas tendentes a «asegurar condiciones de equidad y civilidad en las campañas electorales», lo cual se logró a medias.
Andrés Albo y Leonardo Valdés pasaron por la presidencia del IFE sin pena ni gloria. Las denuncias contra el candidato presidencial del PRI, Enrique Peña, por exceder los gastos de campaña y la intromisión del poder económico en las elecciones de 2012, provocaron nuevos cambios a la Constitución y la transformación del IFE en INE (Instituto Nacional Electoral) con nuevas funciones y cobertura. El presupuesto del organismo se disparó y el número de consejeros aumentó de nueve a once. En esta etapa, el PRI, el PAN y el PRD en menor medida se repartieron los asientos del consejo general presidido por Lorenzo Córdova.
Si al IFE le correspondieron las alternancias de 2000 y 2012 entre el PRI y el PAN, con el INE se llevó a cabo la tercera y más radical, pues las encabezadas por Fox y Peña Nieto (y entre ellos Calderón) no cambiaron ni un ápice el modelo neoliberal. El triunfo rotundo de López Obrador y de Morena no dio margen a la impugnación ni a la componenda como sí ocurrió con Calderón y con Peña, cuyo déficit de legitimidad los convirtió en rehenes de la partidocracia y de los poderes fácticos. La reforma electoral frustrada de AMLO pretendía, según su enfoque, liberar al INE de influencias externas, reducir el gasto exorbitante y dejar de subsidiar a los partidos cuando no hay elecciones.
El desempeño de Córdova fue aceptable, pero el sistema comicial adolece de vicios todavía. La compra e inducción del voto, el gasto de campañas por encima de los topes legales, el financiamiento paralelo de las grandes empresas e incluso del crimen organizado y la falta de equidad vulneran la voluntad ciudadana y afectan los resultados. Córdova se envolvió en su orgullo y en la bandera del INE para plantar cara al presidente por la reforma y otras iniciativas de la 4T. Ganó simpatizantes, pero también detractores. El 14 de abril, estudiantes de la UNAM realizaron una marcha para vetarlo como maestro. Las circunstancias le impidieron estar a la altura de Woldenberg. Cometió errores y tuvo desplantes, mas no por ello debe ser objeto de linchamiento.