Sitiado en Querétaro por tropas liberales, Maximiliano de Habsburgo toma la decisión final de rendirse ante el General Mariano Escobedo, a quien entrega su espada imperial y es hecho prisionero. Derrotado su locuaz imperio, el príncipe austriaco se preguntaba por qué todo había salido tan mal. Desde el convento de Capuchinas en Querétaro que hacía las veces de su prisión, el descendiente de los Habsburgo, linaje de María Teresa la Grande, emperatriz de Austria; Carlos V, Rey de España y emperador de Alemania y América; Felipe II, Rey de España, Portugal y América; su hermano Francisco José I, emperador de Austria y Rey de Hungría y al que en Austria se conoció como «Maximilian I, Kaiser von Mexiko», cavilaba sobre su futuro intentando entender por qué no pudo alcanzar la grandeza de su estirpe.
Casi un año antes, Carlota de Bélgica, emperatriz de México y de América, como se hacía llamar, viajó a Europa para suplicar y luego exigir a Napoleón III, el cumplimiento del Tratado de Miramar, en que se le ofreció el trono de México. Pero las cosas habían cambiado y el emperador de los franceses había decidido abandonar a Maximiliano a su suerte. Luego, Carlota obtuvo una audiencia con el Papa Pío IX para pedirle su intervención y salvar el mandato de su marido, pero el pontífice le reclamó el que Maximiliano hubiera decidido mantener la Ley de Nacionalización de los Bienes Eclesiásticos, la de Matrimonio Civil, la Ley del Registro Civil o Ley sobre el Estado Civil de las Personas y la de Libertad de Cultos, todo lo que conocemos como las Leyes de Reforma, que acabaron con el dominio del clero católico sobre la sociedad mexicana, por lo que la respuesta fue «no». Maximiliano se había quedado solo.
Terminaba uno de los episodios más apasionantes, bizarros y extraños en la historia de nuestro apasionante, bizarro y extraño país. La trágica y efímera aventura del Habsburgo que aceptó el trono de México bajo el nombre de Maximiliano I y su esposa la archiduquesa Carlota «su majestad Imperial, la emperatriz Carlota».
Pero luego de la restauración de la República, vinieron para Juárez semanas difíciles, pues debía tomar una decisión difícil: ¿Qué hacer con Maximiliano? Al final de cuentas era un Habsburgo y hermano de Francisco José I, emperador de Austria y del Imperio austrohúngaro, que seguía molesto con Maximiliano por haber aceptado el disparate de venir a México, pero la sangre llamaba.
La sentencia del Tribunal de Guerra que sesionó en el Teatro de la República en Querétaro fue unánime: pena capital. Desde antes, las peticiones para que Juárez otorgara clemencia fueron muchas. Varias casas reales de Europa solicitaron su indulgencia. El gran Víctor Hugo, autor de Los Miserables y máxima gloria de la literatura francesa, escribió una carta al presidente Juárez diciéndole: «La América actual tiene dos héroes: John Brown y usted. John Brown debido a que murió por la esclavitud. Usted, debido a que ha hecho vivir la libertad. Ahora, muéstreles su belleza. Después del estallido, exhiba la aurora. El cesarismo que mata, muestre al pueblo que reina y se modera. A los bárbaros, la civilización; a los déspotas, los principios. Juárez, haga que la civilización dé ese paso trascendental. Juárez es tiempo de abolir la pena de muerte en toda la faz de la Tierra. Será ésta, Juárez, su segunda victoria. La primera, vencer a la usurpación, es grandiosa; la segunda, perdonar al usurpador, será sublime».
La carta llegó a manos de Juárez el 20 de junio. Un día antes, Maximiliano había sido fusilado en el Cerro de las Campanas. Su cadáver fue embalsamado y enviado en un ataúd de madera de pino abordo de la fragata «Novara», la misma que lo había traído a México. Sus restos llegaron al Castillo de Miramar el 16 de enero de 1868 y hoy está en la cripta Imperial de los Habsburgo, en Viena. Ese fue su trágico destino, pagar con su muerte la osadía de querer gobernar a los mexicanos. Carlota le sobrevivió 60 años más hasta su muerte en 1927 en el Castillo de Bouchout, en Bélgica, donde aislada y en la demencia y sin «noticias del imperio», no alcanzó a enterarse de que la gran guerra provocó en 1919 la caída del gran imperio de los Habsburgo, familia que durante casi 500 años gobernó buena parte de Europa; todo se había derrumbado.